tcga数据分析-{下拉词

大家好，今天小编关注到一个比较有意思的话题，就是关于tcga数据分析的问题，于是小编就整理了4个相关介绍tcga数据分析的解答，让我们一起看看吧。

1. tcga组织类型？
2. 如何利用tcga数据库进行差异的lncrna分析？
3. gepia数据库怎么用？
4. 患者信息表格怎么做？

tcga组织类型？

TCGA收录的基因组测序数据涉及到的癌症达33种，包含的组织类型达26种：

ACC、BLCA、BRCA、CESC、CHOL、COAD、DLBC、ESCA、GBM、HNSC、KICH、KIRC、KIRP、LAML、LGG、LIHC、LUAD、LUSC、MESO、OV、PAAD、PCPG、PRAD、READ、SARC、SKCM、STAD、TGCT、THCA、THYM、UCEC、UCS、UVM。

TCGA是美国国家癌症研究所(National Cancer Institute)和美国人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)共同监督的一个项目，旨在应用高通量的基因组分析技术，以帮助人们对癌症有个更好的认知，从而提高对于癌症的预防、诊断和治疗能力。

作为目前最大的癌症基因信息数据库，TCGA的全面不仅仅体现在众多癌型上(覆盖33种癌症类型，超过30000例肿瘤样本，超过20000个基因的表达信息)，还体现在多组学数据（包括基因表达数据、miRNA表达数据、拷贝数变异、DNA甲基化、SNP等）。

TCGA作为肿瘤研究中***最丰富，数据最权威的数据库，自然受到广大科研工作者的深入挖掘。无数的文章脱胎于通过挖掘TCGA数据，同时也促使了不计其数的衍生的数据库用于挖掘可视化TCGA这个巨大的***。

如何利用tcga数据库进行差异的lncrna分析？

DataTable dt = new DataTable()

;dt.Columns.Add(new DataColumn("PreRevDate0", typeof(decimal)))

;DataColumn col = new DataColumn()

;col.ColumnName = "PreRevDate1"

;col.Expression = "ABS(Convert.ToInt32(PreRevDate0))"

;col.DataType = typeof(decimal)

;dt.Columns.Add(col)

;DataRow dr = dt.NewRow()

;dr["PreRevDate0"] = -1;dt.Rows.Add(dr);

gepia数据库怎么用？

GEPIA数据库具有84种癌症亚型，从基因水平扩展到转录本水平将基因表达量化，支持对特定癌症亚型的分析和亚型之间的比较。

此外，GEPIA***用了受单细胞测序研究启发的新的基因特征量化分析技术，提供定制分析，用户可以上传自己的RNA-seq数据，并与TCGA和GTEx样本进行比较。还提供了一个用于批量处理的API，以及容易检索分析结果。

患者信息表格怎么做？

患者信息表格这么做

1.TCGA临床数据下载 首先,使用TCGAbiolinks包下载TCGA-LIHC患者的相关临床信息。 将下载结果保存为rda文件。可以看到,在当前目录下多了一个.rda文件,后续在使用时直接使用load()函数进行读取即可。在结果中,其中包含415个患者的82个不同的临床信息。 将临床信息的第一列列名修改为“TumorSampleBarcode”,便于后续分析处理;同时将其保存为csv文件。

2.病人分组筛选 接下来,读取保存好的临床信息,用于后续的临床数据整理和分组筛选。在这里,为了演示方便,我们通过存活和死亡的方法来对所有患者进行分组作为演示。 简单解释一下:分别根据临床信息数据框中“vital_status”的信息,筛选“Alive”的患者作为存活组别,筛选“Dead”的患者作为死亡组别,同时去除其中缺失的患者后,作为纳入的所有。

到此，以上就是小编对于tcga数据分析的问题就介绍到这了，希望介绍关于tcga数据分析的4点解答对大家有用。